科學家編製新生命樹，務求增加生物學界增加對生物演化的了解，以及確保分類可以更為準確。

1859 年，英國科學家達爾文在著作《物種起源》將演化想像為一棵樹，名為生命之樹。生命之樹的分支以各種生物所組成，生物間互相關連。歷代演化生物學家將達爾文的想像，以觀察和後來發展的 DNA 測序技術慢慢展現成事實。在 100 多年後，演化生物學家 Carl Woese 首次編譜出生命之樹，將生物分類為 3 大支幹，即是三域系統：真核生物、古菌和細菌，並為生物分類和研究提供了根基。

地球孕育了大量未知生物，而且難以在實驗室培育。要將「所有」生物找出，其中一個方法就是從環境中抽取 DNA 再作併砌。 Jillian F. Banfield 的團隊就由加州草甸 (meadow) 和深海熱泉中找出基因，並找到數以百計的新微生物。但沒有參與研究的演化生物學家 Patrick Forterre 卻質疑，由環境中所找出的 DNA 樣本可能來自幾種生物，未必能準確查出各種不同的 CPR 細菌基因，最終或令編排有所誤差。

收集 DNA 數據後，他們對於新微生物應放的位置卻毫無頭緒。為了令生命之樹建構得更完整，演化生物科學家 Banfield 和研究人員決定重編生命樹，令我們可以增加對生物之間關連、演化過程和生物學基礎的了解。團隊以 3,083 個物種作藍本編製新生命樹：其中 2,072 種是以往已知物種，加上 Banfield 和同事們新發現的 1,011 種物種基因，利用超級電腦嘗試重新編排新的生命樹。

Banfield 運算完成後，他們發現新生命樹圖譜中佔最多的是細菌，同時更新了去年新發現的細菌分支 Candidate Phyla Radiation (CPR) 到新生命樹中 （上圖：右上紫色的細菌）。屬於 CPR 分支裡的細菌體積細小、只有簡單新陳代謝功能，而且難以單獨生存。CPR 細菌在生命樹所佔的比例和種類，都比起真核生物與古菌的總和多。不僅如此，他們亦懷疑屬於 CPR 分支的細菌可能就是早期演化生物之一。因為屬於 CPR 分支的細菌簡單的特性，令它們可以迄立至今。

Banfield 表示，生物學家對 CPR 分支內的細菌的認識尚淺，大部份基因功能仍有待解開；也正因如此，屬於 CPR 分支的細菌基因可能是蘊含大量重要資訊的寶庫，或有利生物科技發展。

除了最新發現外，他們亦再次找到更多證據支持舊有研究：確認到真核生物與古菌兩域生物的關係，比起細菌還要接近，惟尚未清楚當中的演化歷程。可以肯定的是，重新編製生命樹會令我們了解生物多樣性的重要性之餘，更加了解到生物在演化間的關係。 

報告：

Hug, L.A., Baker, B.J., Anantharaman, K., Brown, C.T., Probst, A.J., Castelle, C.J., ... & Banfield, J.F. (2016). A new view of the tree of life. Nature Microbiology, Published Online. DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.48

原文：

New York Times, Scientists Unveil New 'Tree of Life', 11 April 2016

The Scientist, Branching Out, 11 April 2016

文／eh