西九地庫前期地基工程的撥款，立法會遲遲未批。西九管理局行政總裁連納智曾警告，若財委會未能在今年年初完成審批，工程延誤將造成每月 2000 萬元的額外成本。《蘋果日報》引述西九文化管理局文件指，董事局通過特別撥款安排，合共墊支 3 億 450 萬，使地庫工程得以如期進行。

自去年 11 月，西九管理局憂慮立法會撥款延造成骨牌效應，地庫地基、上蓋，以至 M+ 博物館整體工程進度也會受到影響，故開始醞釀「第二手方案」，即由管理局承擔綜合地庫的前期工程費用。為免工程進度受到立法會拉布影響，西九董事局最終在去年 12 月 31 日決定出支應付 3A 區前期、3B 區基本地庫結構及相關工程，相關的撥款申請已從立法會撤回。管理局強調今次是「一次性安排」，卻未有透露日後會否再特事特辦。

西九發展進度一直備受關注，原本去年年底落成的組裝劇場 (Modular Theatre) 被臨時叫停，惹來各界揣測擱置原因。造價 3 億的組裝劇場旨在永久建設啟用之前，提供表演藝術場地。行政總裁連納智在 2013 年中也曾匯報項目進度，稱已收到十份設計意向書，預料 2014 年底即可建成。根據《星島日報》報道，管理局提交的計劃書，新增職位及入場觀眾預算欠奉，被董事局批評「有出無入」，組裝劇場最終流產。早前「城市中的公園」的計劃，也在 2013 年中被當局「種樹存在技術困難」及「減少財務負擔」為由，叫停 2012 年已經展開的公園設計招標。

幾年間西九不斷推倒重來，硬件未見，成本卻先增加。民政事務局去年 11 月已向立法會申請將工程策劃總監和首席助理秘書長的職位，合約延長至 2019 年 3 月底，預計每年支出增加超過 500 萬，以應付建築工程延誤帶來的監督和前期準備的功夫。